Ο Στέφανος Χανδακάς γεννήθηκε στην Αθήνα το 1972, με καταγωγή από την Σύρο.

Είναι μαιευτήρας-γυναικολόγος, ενδοσκοπικός χειρουργός αναπαραγωγής, απόφοιτος της Ιατρικής Σχολής του Πανεπιστημίου Αθηνών, από όπου έλαβε και τη διδακτορική του διατριβή, με βαθμό «Άριστα».

Κατέχει δίπλωμα Master in Business Administration (MBA) από το Πανεπιστήμιο του Λονδίνου, Imperial College London ,με σημαντικές διακρίσεις στην Επιχειρηματικότητα. (European Business Entrepreneurship Award 2003).